Ústav pro soudobé dějiny AV ČR je členěn do čtyř oddělení vymezených chronologicky, jež pokrývají období od roku 1938 do současnosti, dvou dalších specializovaných oddělení zaměřených na židovská a menšinová studia a oral history. Při ústavu pracují i dva další, do značné míry autonomní útvary se specializovaným zaměřením: Centrum pro dokumentaci majetkových převodů kulturních statků obětí druhé světové války a Centrum pro srovnávací soudobé dějiny střední Evropy. Při ÚSD existuje také Kabinet dějin vědy.
Ústav spravuje oborovou knihovnu otevřenou odborné veřejnosti, rozsáhlé sbírky dokumentace k soudobým dějinám a systematicky buduje dokumentaci k dějinám po roce 1989. Ústav vydává několik edičních řad a oborový časopis Soudobé dějiny, je také spoluvydavatelem časopisu Dějiny-teorie-kritika.








